Une catastrophe d'une ampleur sans précédent s'est abattue sur notre planète, causant la mort de la moitié de la population mondiale et laissant le monde meurtri à tout jamais. Après cet événement terrible, que l'histoire retiendra sous le nom de "Second Impact", les survivants reprennent peu a peu leur vie quotidienne.



C’est alors qu’un jeune garçon de 14 ans, Shinji Ikari, est convoqué à Tokyo 3 par son père.



Au même moment, une créature géante, un "Ange", apparaît sur la ville. Les forces armées des Nations Unies engagent immédiatement le combat, mais en vain.



Shinji se retrouve pris entre deux feux, quand soudain, une jeune militaire, qui se présente sous le nom de Misato Katsuragi, lui sauve la vie.



Shinji est conduit au quartier général de la NERV, une organisation ultra secrète, afin d'y rencontrer son père, Gendô Ikari, qu'il n'a plus vu depuis 10 ans. Celui-ci lui révèle que la NERV a développé une arme humanoïde gigantesque dans le plus grand secret. Il ordonne à Shinji de prendre immédiatement les commandes de ce géant et d'aller affronter l'Ange. C'est ainsi que Shinji fait la connaissance de l'Eva-01.



Dans un premier temps, Shinji se montre réticent. Toutefois, la vision d'une jeune pilote blessée (Rei Ayanami) suffit à le persuader de relever ce défi et de se jeter corps et âme dans la bataille. Sans la moindre expérience au combat, Shinji se retrouve à bord de l'Eva-01 face à l'Ange.



Alors que le sort du monde entier repose sur ses épaules, comment Shinji va-t-il mener ce premier combat ? Et que cache ce "Plan de complémentarité de l'homme", apparemment lié au "Second Impact" ? Gendô Ikari, l'homme qui détient peut-être la réponse à ces questions, observe silencieusement son fils engagé dans un combat désespéré...